کنگره‌ علوم باغبانی ایران با تلاش انجمن علوم باغبانی ایران و همکاری متخصصین دانشگاهی،  مراکز تحقیقاتی و بخش خصوصی مرتبط  از اوایل دهه ۱۳۷۰ و عمدتا به صورت دو ساله به میزبانی یکی از دانشگاه‌های کشور برگزار گردیده است. هدف از از برپایی این کنگره افزایش توان علمی و کمک به ارتقاء دانش اساتید، پژوهشگران، دانشجویان، باغداران، گلخانه‌داران و علاقمندان به موضوعات مرتبط به علوم باغبانی، معرفی و بررسی آخرین دستاوردهای علمی در حوزه باغبانی، تعامل و تبادل تجارب پژوهشگران و متخصصین حوزه علوم باغبانی پیرامون توسعه و دانش باغبانی، در قالب سخنرانی‌ها، نشست‌های تخصصی، کارگاه‌ها و نمایشگاه‌های تخصصی و ارائه راهکارهای علمی و عملی در زمینه مشکلات علوم باغبانی می‌باشد. اهداف دیگر این دوره برگزاری میزگردهای تخصصی، ارتقاء توسعه، تبیین اهمیت علوم باغبانی و ترغیب سازمان‌ها و شرکت‌ها به توجه خاص به دانش روز در حوزه علوم باغبانی، ترویج دانش علوم باغبانی و شناسایی نیازهای مطالعاتی و تحقیقاتی سال‌های آتی، فراهم آوردن محیطی برای طرح نظرات جدید و کسب آگاهی از فعالیت‌‌های سایر همکاران در سطح ملی و جهانی می‌باشد.